Św. Szymon urodził się około 1438-1440 r. w Lipnicy, koło Bochni, w ówczesnym województwie krakowskim. Jego nazwisko pozostaje nieznane. Wiadomo jednak, że pochodził ze średniozamożnej rodziny mieszczan. Podjął studia na wydziale nauk wyzwolonych na Akademii Krakowskiej i ukończył ją 1457 r. tytułem bakałarza. W tym samym roku wstąpił do nowo założonego przez św. Jana Kapistrana klasztoru bernardynów w Krakowie.

Po roku nowicjatu Szymon złożył śluby zakonne. Następnie ukończył studia teologiczne i około 1460 r. otrzymał święcenia kapłańskie. Pięć lat później został wybrany przełożonym konwentu w Tarnowie. Od 1467 r. do 1482 r. (czyli do śmierci) pełnił w Krakowie, jako pierwszy wśród Braci Mniejszych, urząd kaznodziei, na który wybierano wyjątkowo zdolnych zakonników. Kazania wygłaszał w języku łacińskim. Cieszył się dużym uznaniem w środowisku akademickim, a oprócz prac kaznodziejskich zajmował się też jako skryptor przepisywaniem dzieł teologicznych. Biografowie opisują Szymona jako człowieka refleksyjnego i miłującego samotność.

Zmarł 18 lipca 1482 r., usługując chorym podczas panującej wówczas w Krakowie epidemii dżumy. Jego ciało zostało pochowane w kościele klasztornym św. Bernardyna na Stradomiu. Po śmierci Szymona odnotowano 377 cudownych uzdrowień i łask (wśród świadectw łask otrzymanych za wstawiennictwem Szymona szczególną uwagę zwracają te, które składały niewiasty przeżywające trudności z donoszeniem ciąży). W 1685 r. został beatyfikowany przez papieża Innocentego XI. W poczet świętych Szymon z Lipnicy został zaliczony 3 czerwca 2007 r.  Kanonizacji dokonał papież Benedykt XVI.